Com o propósito de preservar os elementos materiais relacionados com a vida e as tradições do Tribunal de Justiça de São Paulo, o então desembargador presidente Tácito Morbach de Góes Nobre, por meio da Portaria nº 1.580/1973, institui uma Comissão Permanente para coletar elementos de natureza histórica, base do futuro Museu, composta por quatro desembargadores e sob sua Presidência.
Em 1985, com a preocupação de preservar os móveis de estilo e objetos de arte existentes em várias dependências do Palácio de Justiça, tombado em 1981, o desembargador presidente Bruno Affonso de André, por meio da Portaria nº 2.152/1985, designa o desembargador José Rubens Prestes Barra, então 3º vice-presidente para a orientação dos trabalhos de apuração do acervo e designação dos locais adequados ao seu uso ou exposição.
Pela Portaria nº 2322/1987, o desembargador José Rubens Prestes Barra é novamente designado para coordenar e orientar os trabalhos de preservação, sendo-lhe facultado proceder ao levantamento de todo o acervo existente; designar os locais adequados ao seu uso e exposição; sugerir as providências necessárias à sua conservação e segurança; elaborar catálogos correspondentes aos móveis de estilo, objetos de arte e demais adornos de valor artístico ou histórico; propor a restauração de peças, ou consertos indispensáveis; coordenar os trabalhos de restauração e consertos para a preservação das características das peças e de sua época, entre outras atribuições.
Em 1994, o desembargador José Alberto Weiss de Andrade, então presidente do TJSP, por meio da Portaria nº 2.815/1994, designa novamente o desembargador José Rubens Prestes Barra para coordenação e orientação dos trabalhos de preservação, catalogação e restauração de bens históricos.
Em 1º de fevereiro de 1995, é instalado um Minimuseu ao lado do Plenário do Tribunal do Júri, no 2º andar do Palácio da Justiça, contando com uma sala de exposição permanente. Pelo Provimento CSM nº 529/95, o Minimuseu do Poder Judiciário do Estado de São Paulo é incluído no organograma com subordinação direta à Presidência do Tribunal.
Em 1997, com o Provimento CSM nº 575/97, o Minimuseu tem sua denominação alterada para Museu do Tribunal de Justiça de São Paulo.
Em 4 de fevereiro de 1998, por meio da Portaria nº 3.186/98, o Desembargador Dirceu de Mello, então presidente do TJSP, nomeia o desembargador Emeric Levai para desempenhar as funções de coordenador do Museu, que exerce até o seu falecimento, em 24 de outubro de 2004.
Em meados de 1999, após a expansão de suas dependências, o Museu passa a contar com duas salas de exposições permanentes no Palácio da Justiça.
Em 29 de novembro de 2004, o desembargador Luiz Elias Tâmbara, presidente do TJSP, nomeia, por meio da Portaria nº 7.214/04, o desembargador Alexandre Moreira Germano para exercer o cargo de coordenador do Museu, função essa ocupada até 2017.
Desde 2007, o Museu do Tribunal está instalado em sede própria no Palacete Conde de Sarzedas, edifício construído no final do século XIX, restaurado e tombado pelo Conselho Municipal de Preservação do Patrimônio Histórico, Cultural e Ambiental da Cidade de São Paulo (Conpresp), que guarda em sua estrutura e decoração lembranças da São Paulo antiga.
Em 2009, é inaugurado o Espaço Cultural Poeta Paulo Bomfim, no Palácio da Justiça, com destaque à história do Movimento Constitucionalista de 1932, além da vida e obra do poeta.
A partir de 2013, o Museu do Tribunal de Justiça, de acordo com a política de regionalização adotada, passa a inaugurar espaços museais pelos fóruns da Capital e do Interior, promovendo exposições em outras comarcas do Estado.
Em 2018, o desembargador Octávio Augusto Machado de Barros Filho assume a coordenadoria do Museu.
Em 2019, o acervo exposto na Sala Desembargador Emeric Levai, nome dado ao primeiro espaço museológico instalado na sala contígua ao antigo Tribunal do Júri, é transferido para a Sala Advogado José Adriano Marrey Júnior, onde já funcionou a Consulta da Biblioteca, localizada no quarto andar do Palácio da Justiça.
De 2019 a 2021, a desembargadora Luciana Almeida Prado Bresciani exerce a coordenação do Museu.
Para o biênio 2022/2023, o desembargador Octavio Augusto Machado de Barros Filho é designado coordenador do Museu, função que exerceu entre 2018 e 2019.
Além de espaço de difusão cultural, o Museu tem por objetivo preservar para as novas gerações os objetos, documentos, móveis, símbolos e outros elementos ligados à evolução histórica e cultural do Poder Judiciário paulista, sem esquecer os eminentes vultos do passado e do presente, que preservam e transmitem a história da instituição desde a implantação do Tribunal da Relação, em fevereiro de 1874, aos dias atuais.
