No Brasil Colônia, foram criadas as primeiras comarcas durante os séculos XVI a XVIII, sendo as primeiras: Salvador (1548), Rio de Janeiro (1608), São Luís (1619), Belém (1652), Olinda (1653), Nossa Senhora das Neves (1688), São Cristóvão (1696) e São Paulo (1700).
Pioneira no território hoje correspondente ao Estado, a Comarca de São Paulo foi criada em substituição à Ouvidoria-Geral, por carta régia de 29 de outubro de 1700, quando a São Paulo de Piratininga ainda era vila, tornando-se cidade pouco tempo depois, por meio de carta régia de 24 de julho de 1711. Faziam parte dela também as vilas de Santos, São Vicente, Itanhaém, Cananeia, Paranaguá, São Francisco, Castro, além de Taubaté, Guaratinguetá, Jacareí, Itu e Sorocaba.
O Alvará de 2 de dezembro de 1811 desmembrou a primitiva Comarca de São Paulo em duas, criando a Comarca de Itu, que incluía as vilas de Sorocaba, São Carlos, Mogi Mirim, Porto Feliz, Itapetininga, Itapeva e Apiaí.
Em 1837, São Paulo tinha 326.902 habitantes, compreendendo menos de 10 mil a soma dos moradores das Freguesias da Sé, Santa Ifigênia e Brás.
De acordo com o Código de Processo Criminal de 1832, para efeito da administração da Justiça, São Paulo dividia-se em seis comarcas, com os respectivos termos e distritos de paz, a saber:
| Comarca | Capital | Principais Povoações |
| 1ª Comarca | Taubaté | Pindamonhangaba, Guaratinguetá, Bananal, Silveiras, Lorena, Arêas, Queluz |
| 2ª Comarca | São Paulo | Santo Amaro, Atibaia, Bragança, Mogi das Cruzes, Paraibuna, São José dos Campos, Jacareí |
| 3ª Comarca | Jundiaí | São Carlos (atual Campinas), Constituição (atual Piracicaba) |
| 4ª Comarca | Itu | Porto Feliz, Capivari, São Roque, Sorocaba, Itapetininga, Itapeva |
| 5ª Comarca | Curitiba | Castro, Guaratuba, Vila Nova do Príncipe, Antonina, Paranaguá |
| 6ª Comarca | Santos | Cananéia, Iguape, Conceição, Xiririca, São Vicente, São Sebastião, Vila Bela, Ubatuba |
| Fonte: HÖRNER, 2005, pp. 5-8. |
Ao longo do tempo, as comarcas paulistas sofreram inúmeras modificações com criações de novas, desmembramentos, classificações de entrância etc. Em 1940, por exemplo, o Estado de São Paulo tinha 126 Comarcas, classificadas em quatro entrâncias pelo artigo 17, do Decreto-lei nº 11.048.
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